29 września 1586 roku (w dniu św. Michała Archanioła) w życiu ojca Feliksa zaczął się nowy rozdział. Członkowie dominikańskiej kapituły prowincjalnej, zgromadzeni w klasztorze w Łowiczu, wybrali go wówczas na urząd prowincjała, czyli przełożonego wszystkich klasztorów prowincji polskiej. 10 grudnia 1586 roku wybór ten zatwierdził generał zakonu.

W chwili objęcia urzędu przez nowego prowincjała Kościół w Polsce zaczął wychodzić z bardzo trudnego okresu. Po wystąpieniu Marcina Lutra, który podważał sens istnienia zakonów, nastąpił ogromny spadek liczby kandydatów do klasztorów i kryzys życia zakonnego. Spowodowało to w Polskiej Prowincji Dominikanów poważne straty. Część klasztorów upadła, zaś ogólna liczba zakonników zmalała. Na początku XVI wieku było ich około tysiąca, zaś w roku 1580 – zaledwie trzystu. Klasztory borykały się z olbrzymimi trudnościami materialnymi. Dopiero reformy, podjęte po soborze trydenckim, zahamowały tę tendencję. Przyczynił się do tego najpierw Melchior z Mościsk (miejscowość na dzisiejszej Ukrainie, w obwodzie lwowskim, niedaleko granicy z Polską – przyp. red.), a następnie – Feliks z Sieradza. W 1590 roku kapituła zatwierdziła pierwszą od około stu lat fundację nowego klasztoru w Jazłowcu, a do klasztorów dominikańskich zaczęła napływać coraz liczniejsza rzesza kandydatów.

W 1596 roku kapituła generalna dominikanów, obradująca w Walencji, postanowiła o utworzeniu nowej prowincji ruskiej pod wezwaniem św. Jacka, w której skład miało wchodzić 21 klasztorów dawnej prowincji polskiej. Było to między innymi klasztory w następujących miejscowościach: Lwowie, Przemyślu, Kijowie, Wilnie, Lublinie, Kamieńcu Podolskim. Prowincjałem został mianowany Antonin z Przemyśla.

Dominikanie z prowincji polskiej na czele z Feliksem uznali decyzję o powołaniu prowincji ruskiej za niesłuszną. Za pośrednictwem króla Zygmunta III Wazy odwołali się do papieża Klemensa VIII. W 1598 roku kardynał Bonellius wydał wyrok, unieważniający uchwałę kapituły walenckiej i przywracający stan prowincji przed jej podziałem. Formalne zniesienie prowincji ruskiej nastąpiło już po śmierci Feliksa – w 1602 roku.

Sprawa podziału prowincji nie należała do łatwych dla Feliksa, który przez cały czas był zwolennikiem jedności prowincji polskiej, założonej w 1225 roku. Feliks był narażony na ostre ataki zwolenników oddzielenia się klasztorów ruskich.

Wydarzeniem najwyższej rangi w całym dwunastoletnim okresie sprawowania urzędu prowincjała przez Feliksa z Sieradza była kanonizacja pierwszego polskiego dominikanina, Jacka Odrowąża, dokonana w Rzymie w 1594 roku. Była ona uwieńczeniem trzechsetletnich starań polskich dominikanów o ogłoszenie świętym swego założyciela.

Jeśli chodzi o okres, w którym ojciec Feliks był prowincjałem, to duże znaczenie dla polskich dominikanów, a także dla Kościoła polskiego miała również wizytacja, przeprowadzona przez generała zakonu, Hipolita Marię Beccarię. Odwiedził on prowincję polską na przełomie 1593 i 1594 roku i pozostał tam przez dwa miesiące. Niewątpliwie towarzyszył mu polski prowincjał Feliks. Na kongregacji w Lublinie, w lutym 1594 roku, generał wydał zarządzenia, dotyczące odnowy życia zakonnego.

Reformy oraz kanonizacja Jacka Odrowąża przysporzyły zakonowi kaznodziejskiemu ogromnej popularności. W ciągu zaledwie 20 lat liczba zakonników wzrosła ponad trzykrotnie i na początku XVII stulecia zakon liczył około 900 braci.

Feliks z Sieradza zakończył pełnienie urzędu prowincjała w 1599 roku. Kapituła, obradująca w Płocku, wybrała wówczas na jego następcę Wojciecha Sękowskiego. Zezwolono na to, aby Feliks sam sobie wybrał klasztor do zamieszkania. Postanowił spędzić resztę życia w Sieradzu. Przywiązanie Feliksa do rodzinnego klasztoru i miasta sprawiło, że wybór nie mógł być inny.