Od 1576 roku ojciec Feliks z Sieradza występuje w źródłach jako przełożony (przeor) klasztoru krakowskiego. Wyboru przeora dokonywała kapituła klasztorna, do której należeli wszyscy zakonnicy, mieszkający w klasztorze.
Wybór ojca Feliksa na przełożonego najstarszego i najważniejszego klasztoru dominikanów w prowincji polskiej nie stanowił zaskoczenia, jeśli się spojrzy na jego bardzo wysoki poziom wykształcenia oraz autorytet. Późniejsze żywoty Feliksa wspominają o tym, że – gdy pełnił funkcję przeora – głodni bracia z klasztoru krakowskiego zostali nakarmieni w cudowny sposób, dzięki modlitwie i ufności przełożonego. Według wpisów w księdze przychodów klasztoru krakowskiego, Feliks piastował urząd przeora w Krakowie do końca 1581 roku.
Najprawdopodobniej równocześnie z pełnieniem funkcji przeora krakowskiego Feliks z Sieradza był kaznodzieją kościoła Mariackiego. Głoszenie Słowa Bożego należało do istoty charyzmatu dominikanów. Feliks z Sieradza był kaznodzieją generalnym, tj. miał prawo do głoszenia kazań bez liczenia się z okręgami klasztornymi. Władze prowincji wyznaczały kaznodziejom generalnym kościoły lub okręgi do głoszenia kazań. Dominikanie dbali o to, aby stali kaznodzieje, przydzieleni do poszczególnych kościołów, byli zakonnikami najbardziej odpowiednimi i wykształconymi, piastującymi nieraz wysokie godności zakonne.
Wiadomo, że kapituła prowincjalna obdarzyła Feliksa z Sieradza godnością kaznodziei generalnego we Lwowie w 1577 r., jednak mógł zostać kaznodzieją kościoła Mariackiego już przed tą datą. Godność tę sprawował aż przez jedenaście lat. W żywotach czytamy, że pod wpływem jego żarliwych kazań wielu zwolenników reformacji powróciło do Kościoła katolickiego.
Głęboka wiedza teologiczna i wyjątkowe zdolności oratorskie predysponowały Feliksa do udziału w publicznych debatach z innowiercami. Z przekazu Abrahama Bzowskiego wynika, że ojciec Feliks z Sieradza uczestniczył w słynnej dyspucie w kościele oo. Jezuitów w Lublinie z jednym z przywódców lubelskiego zboru ariańskiego – Janem Niemojewskim. Staropolscy dziejopisarze nie podali roku tego wydarzenia. W kościele jezuitów słynne debaty organizowano na pewno w latach 1581 i 1586. Bardziej prawdopodobne jest to, że Feliks wziął udział w debacie w 1581 roku. W 1586 roku został wybrany na prowincjała polskich dominikanów, więc nowe obowiązki mogły mu przeszkodzić w przybyciu na debatę.
Nawracanie odstępców od wiary katolickiej było dla Feliksa powrotem do istoty i korzeni powołania dominikańskiego, i zbliżało jego drogi do dróg założyciela zakonu, św. Dominika.